O servidor de mapas ArcGis Server 9.x limita a quantidade de layers (camadas) a serem disponibilizadas através do web service em 500 layers. Se precisar de disponibilizar layers acima dessa quantidade é necessário a configuração do serviço específico no servidor.
Para configurar é só ir na pasta de instalação do servidor que por padrão é: C:\Program Files\ArcGIS\server\user\cfg\ e selecionar a pasta com o nome do serviço a ser alterado e alterar conforme a figura a seguir:
Mais informações em: http://forums.arcgis.com/threads/14044-Only-500-records-returned-in-query
